分子デザインはじめました

このpodcastは、さまざまな形で分子デザインに携わるメンバーが分子デザインについてゆるく語りつつ情報発信する番組です。タンパク質デザインや核酸 (DNA/RNA)デザインが主なトピックです。X: https://twitter.com/Biomol_Design

分子デザインはじめました is a science podcast hosted by Unknown Host, with 28 episodes on record and a Required Pod Score of 80. PitchCentric scores this show on Booking Probability, Listen Score, and live audience signals refreshed every 24 hours.

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  Ep 25: [Tips] Pipettes and Pro Tips

  Jul 13, 20262h 2m

  Chapter (0:00:00) 祝ポッドキャスト２周年！ (0:01:50) 浜田さん論文１（DNAハイドロゲル） (0:16:00) Wet Lab Tips 1（キャピラリー粘度測定・Echo分注機） (0:20:17) 浜田さん論文２（動的DNAネットワーク） (0:32:10) DiffusionモデルでDNAオリガミ論文 (0:40:37) Wet Lab Tips 2（ピペット、培養、クローニング） (1:00:03) Claude (1:10:32) Wet Lab Tips 3（ゲル電気泳動、タンパク質実験） (1:16:05) ラボノート (1:39:03) Wet Lab Tips 4 （コンピ・透析・ELISA） 濵田 省吾さん（東京科学大学） Lab HP ⁠ ⁠https://www.nanoeng.net/ ⁠⁠ X: ⁠ ⁠https://twitter.com/shogohamada ⁠⁠ Researchmap: https://researchmap.jp/shogo_hamada⁠ 祝、Podcast２周年！ Ep 0 Ep 1 Ep 2 浜田さんインタビュー回 浜田さん論文 Systematic Exploration of Synthesis and Function Landscapes for DNA Hydrogels, ACS Synthetic Biology, 2026, Kawada et al., Bottom-Up Synthesis and Active Assembly of DNA Networks by Biomolecular Nanomachines, Small, 2026, Afroze et al., ChemRxiv 版 木賀大介 先生 松浦友亮 先生 Echo リキッドハンドラー 化学ゲル、物理ゲル（ ゲルの化学—基礎と機能化— 小久保 尚 ） DASHシステム、 Dynamic DNA material with emergent locomotion behavior powered by artificial metabolism, Hamda et al., 2019, Sci. Robot. ⁠ DNA aptamer “Lettuce” 学術変革領域（A）分子ロボット・エクスプローラーズ 村山恵司 先生 葛谷明紀 先生 Diffusion modelによるDNA Origamiのデザイン De novo design of DNA origami with a generative diffusion model, Nat Commun., 2026, Truong-Quoc et al. タンパク質デザインにおける loop のルール、 Principles for designing ideal protein structures, Nature, 2012, Koga et al. De novo design of RNA and nucleoprotein complexes, BioRxiv, 2025, Andrew Favor et al. AI for Science, SPReAD 1000 Wet 実験 Tips Drummond, .4mm Precision Capillary Tubes Reinin multichannel pipette （幅変えられるマルチチャネル） 24 Well ExDeep Well Plate 24 Tip Horn For Sonicators インテグラ 卓上の分注機 KOD One 曽宮さんツイート NEB, Golden Gate Assembly BioRad, Mini protean TGX Stain-Free gel Nacalai, WIDE RANGE Gel Preparation Buffer(4x) for PAGE (Gradient っぽくなる) ElabFTW Digital ocean Benchiling findings Papers Kaleida Graph 澪乃ゆい@バイオインフォVTuber Competent cell: Intact GenomicsのBL21 (DE3) Zymo, Mix & Go! E.coli Transformation Kit and Buffer Set NEB® Stable Competent E. coli (High Efficiency) ミニゲルスラブ電気泳動装置 エッペンドルフチューブのフタで透析 Thermo, Slide-A-Lyzer™ MINI Dialysis Devices（50 mL チューブ型透析膜）

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  Ep 25: [Tips] Pipettes and Pro Tips

  Jul 13, 20262h 2mS0

  <p>Chapter</p><p>(0:00:00) 祝ポッドキャスト２周年！ </p><p>(0:01:50) 浜田さん論文１（DNAハイドロゲル） </p><p>(0:16:00) Wet Lab Tips 1（キャピラリー粘度測定・Echo分注機） </p><p>(0:20:17) 浜田さん論文２（動的DNAネットワーク） </p><p>(0:32:10) DiffusionモデルでDNAオリガミ論文 </p><p>(0:40:37) Wet Lab Tips 2（ピペット、培養、クローニング） </p><p>(1:00:03) Claude </p><p>(1:10:32) Wet Lab Tips 3（ゲル電気泳動、タンパク質実験） </p><p>(1:16:05) ラボノート </p><p>(1:39:03) Wet Lab Tips 4 （コンピ・透析・ELISA）</p><p><br></p><p>濵田 省吾さん（東京科学大学）</p>Lab HP⁠ ⁠https://www.nanoeng.net/ ⁠⁠X:⁠ ⁠https://twitter.com/shogohamada ⁠⁠Researchmap: https://researchmap.jp/shogo_hamada⁠<p><br></p><p>祝、Podcast２周年！</p>Ep 0Ep 1Ep 2 浜田さんインタビュー回<p><br></p><p>浜田さん論文</p>Systematic Exploration of Synthesis and Function Landscapes for DNA Hydrogels, ACS Synthetic Biology, 2026, Kawada et al., Bottom-Up Synthesis and Active Assembly of DNA Networks by Biomolecular Nanomachines, Small, 2026, Afroze et al., ChemRxiv 版木賀大介 先生松浦友亮 先生Echo リキッドハンドラー化学ゲル、物理ゲル（ゲルの化学—基礎と機能化—　小久保 尚）DASHシステム、Dynamic DNA material with emergent locomotion behavior powered by artificial metabolism, Hamda et al., 2019, Sci. Robot.⁠DNA aptamer “Lettuce”学術変革領域（A）分子ロボット・エクスプ

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  Ep 24: [Journal] Membrane Protein Designs

  Apr 24, 20262h 30m

  Ep 24: Membrane Protein Design Journal Club Ep 20-1 ラボミーティングでたこ焼き作る話 https://open.spotify.com/episode/7jpHi8W1eNAoMtQz9GwY44 紹介した論文 [0:16:36–] 新津 Deep learning-based joint sequence–structure de novo membrane protein design Rudden et al., bioRxiv https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2025.08.15.670493v1 Fig 6. Growth Hormone Receptor (GHR)のデザインについて触れられなかった点の補足： GHRはリガンド二量体化とコンフォメーション変化のどちらが活性化に寄与するか、を焦点にデザインと実験・分子動力学計算が行われた。 デザインでは、TMdiffusionのSwithable design機能を使い、ターゲットとする活性型・非活性型のPDB構造をdiffusionプロセスの各ステップで参照して、両状態と互換性のある配列生成を行っている。 分子動力学計算ではデザインしたヘリックスの二量体化のエネルギー障壁をSteered MDで予測している。 実験では、リガンド無しの基底活性とリガンドによる活性化シグナル強度が測定されており、どちらもデザインした活性・非活性型のコンフォメーションの選択性とは相関がないが、基底活性の強さとSteered MDおよびTOXGREENアッセイで示された二量体化の強さに一定の相関があった。このことから、二量体化がGHR活性の主たるドライビングフォースであることが提案されている。 [0:58:51–] 本田 Design principles of the common Gly-X6-Gly membrane protein building block Golden, et al., 2025 Oct, PNAS https://www.pnas.org/doi/10.1073/pnas.2503134122 [1:15:05–] 岡本 Bottom-up design of Ca2+ channels from defined selectivity filter geometry Liu et al, 2025 Oct, Nature https://www.nature.com/articles/s41586-025-09646-z [1:41:30–] 松林 De novo designed voltage-gated anion channels suppress neuron firing Zhou, et al., 2025 Dec, Cell https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867425010918 MEMDLM, Hugging Face https://huggingface.co/ChatterjeeLab/MemDLM 論文 TOKEN-LEVEL GUIDED DISCRETE DIFFUSION FOR MEMBRANE PROTEIN DESIGN Goel, et al., 2024 Oct, arXiv https://arxiv.org/abs/2410.16735 TOXGREEN https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0005273616302516 コンフォメーションスイッチのデザイン Deep learning–guided design of dynamic proteins Kortemme Group, 2025 Science https://www.science.org/doi/10.1126/science.adr7094 Single spanning receptorのデザイン Barth group, 2025 Nature Biomedical Engineering https://www.nature.com/articles/s41551-025-01532-3 ヒンジのde novoデザイン Design of stimulus-responsive two-state hinge proteins https://www.science.org/doi/10.1126/science.adg7731 新津グループから最近の膜タンパク質 (α-Helical Peptide Barrels)デザインの論文 Rational Design Principles for De Novo α-Helical Peptide Barrels with Dynamic Conductive Channels https://pubs.acs.org/doi/10.1021/jacs.4c13933 WRAPS 膜タンパク質を囲んで可溶化するタンパク質のデザイン Preprint https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2025.02.04.636539v1 Podcast での論文紹介 https://open.spotify.com/episode/2zUlbukXmw90EWeggduZNN 本田紹介論文の前報 De novo-designed transmembrane proteins bind and regulate a cytokine receptor https://www.nature.com/articles/s41589-024-01562-z ESMFold 論文 https://www.science.org/doi/10.1126/science.ade2574 https://esmatlas.com/resources?action=fold Orientations of Proteins in Membranes (OPM) database https://opm.phar.umich.edu/ Dr. William A. Catterall https://pharmacology.uw.edu/william-a-catterall-1946-2024/ 岡本論文紹介回 Ep 6: [Journal] De novo-designed transmembrane proteins bind and regulate a cytokine receptor,... https://open.spotify.com/episode/1hNft2Hnn1QfWjCAfpLF6v [参考] イオンチャネルの整流性とチャネル形状に関するレビュー論文 Asymmetric properties of ion transport in a charged conical nanopore Q. Liu et al., Phys. Rev. E 75 , 051201, 2007 https://doi.org/10.1103/PhysRevE.75.051201 Peilong Lu lab https://protein-design.lab.westlake.edu.cn/ Longxing Cao lab https://en.westlake.edu.cn/faculty/longxing-cao.html

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  Ep 24: [Journal] Membrane Protein Designs

  Apr 24, 20262h 30mS0

  <p>Ep 24: Membrane Protein Design Journal Club</p><p>Ep 20-1　ラボミーティングでたこ焼き作る話https://open.spotify.com/episode/7jpHi8W1eNAoMtQz9GwY44</p><p>紹介した論文</p><p>[0:16:36–] 新津</p><p>Deep learning-based joint sequence–structure de novo membrane protein design</p><p>Rudden et al., bioRxiv</p><p>https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2025.08.15.670493v1</p><p>Fig 6. Growth Hormone Receptor (GHR)のデザインについて触れられなかった点の補足：</p><p>GHRはリガンド二量体化とコンフォメーション変化のどちらが活性化に寄与するか、を焦点にデザインと実験・分子動力学計算が行われた。</p><p>デザインでは、TMdiffusionのSwithable design機能を使い、ターゲットとする活性型・非活性型のPDB構造をdiffusionプロセスの各ステップで参照して、両状態と互換性のある配列生成を行っている。</p><p>分子動力学計算ではデザインしたヘリックスの二量体化のエネルギー障壁をSteered MDで予測している。</p><p>実験では、リガンド無しの基底活性とリガンドによる活性化シグナル強度が測定されており、どちらもデザインした活性・非活性型のコンフォメーションの選択性とは相関がないが、基底活性の強さとSteered MDおよびTOXGREENアッセイで示された二量体化の強さに一定の相関があった。このことから、二量体化がGHR活性の主たるドライビングフォースであることが提案されている。</p><p>[0:58:51–] 本田</p><p>Design principles of the common Gly-X6-Gly membrane protein building block</p><p>Golden, et al., 2025 Oct, PNAS</p><p>https://www.pnas.org/doi/10.1073/pnas.2503134122</p><p>[1:15:05–] 岡本</p><p>Bottom-up design of Ca2+ channels from defined selectivity filter geometry</p><p>Liu et al, 2025 Oct, Nature</p><p>https://www.nature.com/articles/s41586-025-09646-z</p><p>[1:41:30–] 松林</p><p>De novo designed voltage-gated anion channels suppress neuron firing</p><p>Zhou, et al., 2025 Dec, Cell</p><p>https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867425010918</p><p>MEMDLM, Hugging Face</p><p>https://huggingface.co/ChatterjeeLab/MemDLM</p><p>論文</p><p>TOKEN-LEVEL GUIDED DISCRETE DIFFUSION FOR MEMBRANE PROTEIN DESIGN</p><p>Goel, et al., 2024 Oct, arXivhttps://arxiv.org/abs/2410.16735</p><p>TOXGREEN</p><p>https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0005273616302516</p><p>コンフォメーショ

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  Ep 23: [Interview] Naohiro Terasaka (Science Tokyo) “Just Evolve it!”

  Apr 3, 20262h 54m

  ・寺坂尚紘先生 https://nterasaka.wixsite.com/terasaka-lab https://x.com/NaohiroTerasaka ・ Science Tokyo ELSI ・ MULTI-evolve ・ Ref: EVOLVEpro ・PLACER https://github.com/baker-laboratory/PLACER https://www.pnas.org/doi/10.1073/pnas.2427161122 ・ Claude ・ 第3回スイス・日本生命化学シンポジウム ・ 小嶋良輔先生 ・ 学術変革B SPEED ・ Donald Hilvert先生 ・Jeffrey Bode先生 https://bode.ethz.ch/ https://www.itbm.nagoya-u.ac.jp/en_backup/members/j-bode/ ・ 鈴木勉研究室 ・ 和田猛先生 ・池内与志穂先生 http://www.bmce.iis.u-tokyo.ac.jp ・ 沼田 倫征先生 ・鈴木研時代の研究 Biogenesis of 2-agmatinylcytidine catalyzed by the dual protein and RNA kinase TiaS https://www.nature.com/articles/nsmb.2121 Structural basis of tRNA agmatinylation essential for AUA codon decoding https://www.nature.com/articles/nsmb.2144 RNAとタンパク質の両方をリン酸化する酵素を世界で初めて発見 ―遺伝暗号の解読に必須な修飾塩基アグマチジンの生合成を解明（プレスリリース） https://www.u-tokyo.ac.jp/focus/ja/press/p01_231017.html ・ 菅研究室 ・ ペプチドリーム ・ ミラバイオ ・後藤 佑樹先生 http://kuchem.kyoto-u.ac.jp/chembio/index.html ・ 加藤 敬行先生 ・ 森本 淳平先生 ・ 村上裕先生 ・ 林剛介先生 ・修士課程の研究 A human microRNA precursor binding to folic acid discovered by small RNA transcriptomic SELEX https://rnajournal.cshlp.org/content/22/12/1918.short ・博士課程の研究 An orthogonal ribosome-tRNA pair via engineering of the peptidyl transferase center https://www.nature.com/articles/nchembio.1549 https://www.u-tokyo.ac.jp/focus/ja/articles/a_00272.html （プレスリリース） An aminoacylation ribozyme evolved from a natural tRNA-sensing T-box riboswitch https://www.nature.com/articles/s41589-020-0500-6 An anticodon-sensing T-boxzyme generates the elongator nonproteinogenic aminoacyl-tRNA in situ of a custom-made translation system for incorporation https://academic.oup.com/nar/article/52/7/3938/7627879?login=true ・ 佐々木栄太先生 ・ 東佑翼先生 ・ 海外学振 ・ HFSPフェローシップ ・ポスドク時代の研究 Laboratory evolution of virus-like nucleocapsids from nonviral protein cages ⁠ https://www.pnas.org/doi/abs/10.1073/pnas.1800527115⁠ Evolution of a virus-like architecture and packaging mechanism in a repurposed bacterial protein https://www.science.org/doi/full/10.1126/science.abg2822 Baker研からのRNAカプシドデザインの論文 Evolution of a Designed Protein Assembly Encapsulating its Own RNA Genome ⁠https://www.nature.com/articles/nature25157⁠ ・ Lasso-grafting ・高木淳一先生 http://www.protein.osaka-u.ac.jp/rcsfp/synthesis/ ・Lasso-graftingとカプシドを組み合わせた論文 A Nonviral Neo-Nucleocapsid for Cell-Specific RNA Delivery Developed by Pseudo-Cyclic Peptide Grafting and Directed Evolution ⁠ https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1002/ange.202519027⁠ De novo peptide grafting to a self-assembling nanocapsule yields a hepatocyte growth factor receptor agonist ⁠https://www.cell.com/iscience/fulltext/S2589-0042(21)01271-2⁠ ・ On-chip Biotechnologies ・ PUREの金森さん回 ・ Plasmidsaurus ・ 古林太郎さん ・寺坂研の最近の成果 N. Terasaka, T. Furubayashi, K. Tajima, H. Noji. Efficient cell-free evolution of RNA polymerases by droplet microfluidics. bioRxiv (2026) ⁠https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.02.23.707346v1⁠ T. Furubayashi, N. Terasaka, K. Tajima, H. Noji. Boosted cell-free gene expression for robust signal readout from a single-copy DNA template in microdroplets. bioRxiv (2026) ⁠https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.02.22.707295v1⁠ K. Tajima, Y. Sakai, N. Terasaka*. Cargo-directed assembly of nonviral nucleocapsid with controlled size. ACS Synth. Biol. (2026) ⁠https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acssynbio.5c00881⁠ M. D. Levasseur*, N. Terasaka*, A. Steinauer, S. Tetter, S, Pfister, B. H. Meier, D. Hilvert. An engineered closed-shell, two-component, 480-subunit nucleocapsid. bioRxiv (2025) https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2025.10.22.683813v1

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Based on semantic analysis of episode topics and host coverage, this show is a strong guest fit for executives in:

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